Al secondo puzzle ci si arriva usando Surf sotto le Rovine Alfa. Per arrivare agli altri due Puzzle(HO-OH e OMANYTE) seguite il percorso A per poi uscire dall'uscita indicata dalla freccia, a questo punto andate nella grotta a destra e poi in quella a sinistra, quindi risolvete questi puzzle:
KABUTO AERODACTYL OMANYTE HO-OH