Il nome di Caprarola sembra derivi dai caprai che un tempo pascolavano le greggi nella zona. Il territorio comunale mostra segni di presenza umana fin dal Paleolitico, resti sul monte Venere, tombe di stile etrusco-romano nella zona del Barcho ci indicano invece una presenza etrusca giunta fino alla dominazione di Roma come dimostrano i ruderi di antiche ville di epoca imperiale. Le origini del centro abitato risalgono al Medioevo, quando faceva parte dei possedimenti dei Laterani, quindi del Patrimonio di San Pietro. Nel XIII secolo passò dalla dominazione degli Orsini a quella dei terribili Prefetti di Vico, dalla quale fu liberata solo nel 1435 per opera del Patriarca Vitelleschi, inviato da papa Eugenio IV. Le azioni belliche che la videro coinvolta provocarono saccheggi ed incendi, e solo quando fu eretta a Vicariato della Sante Sede, riacquistò tranquillità; vicario fu nominato da Paolo II il cardinale Gerolamo Riario. Questi, nel 1504, ne fece donazione al cardinale Alessandro Farnese, futuro papa Paolo III.
Per circa due secoli Caprarola riamse sotto il dominio dei Farnese raggiungendo il suo maggiore sviluppo civile ed artistico. Molto probabilmente sarebbe rimasta un insieme discontinuo di edifici arroccati su speroni tufacei, divisi l'uno dall'altro da fossi, se non fosse stata inclusa tra i feudi di questa potente famiglia, e se il cardinale Alessandro Farnese (nipote di Paolo III) non avesse deciso di utilizzarla come luogo di residenza.
Infatti la costruzione del superbo Palazzo Farnese condizionò l'espansione di tutto il centro urbano. Ad opera del Vignola fu realizzata una lunga strada sopraelevata, in asse al Palazzo, che cambiò radicalmente l'aspetto della cittadina. Rimasto il Palazzo di proprietà dei Farnese, il territorio tornò alla Santa Sede; più tardi la cittadina divenne possesso dei Borboni, quale dote matrimoniale di Elisabetta Farnese, sposa di Filippo V di Spagna.
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