Il paese trae il nome da una basilica romanica intitolata a S. Elia che sorge nei suoi pressi, le sue origini sono però molto più antiche. Nel territorio comunale sono riconoscibili almeno tre siti etruschi: Pizzo Jella, S. Anna e Castel d'Ischi o Castellaccio. I tre "Pagi" etruschi, abbandonati in epoca romana, furono rioccupati nel medioevo per la loro notevole difendibilità (sono ancora visibili resti di fortificazioni, torri e mura). L'attuale centro storico, anch'esso di origine etrusca, fu riorganozzato al tempo di papa Gregorio Magno come avamposto difensivo di Roma dalla minaccia dei Barbari. Nel Medioevo furono edificate nuove opere difensive, mura e torri, che furono ampliate e consolidate nel 1540 ad opera dei Farnese, allora signori di Castel S. Elia. Nell'Alto Medioevo, le grotte e gli anfratti della valle Suppentonia (da Sub Pentoma perché posta in posizione più bassa rispetto ai "Quinque Pagi" o Pentapoli della vicina Nepi) accolsero eremiti ed anacoreti, che abbracciarono la regola di S. Benedetto. Questi furono gli artefici della primitiva Basilica di S. Elia.
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