Sulla città di Bojano esistono ancora oggi accese discussioni tra gli studiosi ed archeologi sulla sua origine ed ubicazione. Non tutti sono concordi nel riconoscere l'antica capitale dei Pentri nell'attuale cittadina. Di seguito riportiamo il testo che ne descrive i natali secondo Adriano la Regina, fine studioso del Sannio e dei Sanniti:

Il capoluogo dei "Samnites Pentri", municipio romano dopo la guerra sociale e poi colonia, è ubicato alle pendici settentrionali del Matese (Tifernus Mons), il massiccio che divide il Sannio dalla Campania. L'acropoli si trovava sull'altura della Civita, e l'abitato, in basso, era attraversato dalla strada Aesernia-Beneventum, il cui tracciato si è conservato nel tratturo che passa per Boiano e per Sepino. L'insediamento si sviluppò gradualmente sulla strada percorsa stagionalmente da greggi e armenti, donde si formò altresì il nome "Bovianum", per indicare un usuale mercato di buoi. 

La maggior fortuna di Bovianum, che divenne il centro di gran lunga preminente dei Sanniti Pentri dopo la distruzione di Aquilonia (293 a.C.) e dopo la fondazione delle colonie latine di Beneventum (269 a.C.) e di Aesernia (263 a.C.), si dovette proprio alla accresciuta importanza della strada che collegava queste due ultime città.
"Bovaianom" era il nome originario della città, in lingua osca, che conosciamo grazie ad una iscrizione di Pietrabbondante, ove un Meddix Tuticus, Novio Vesullico, aveva inviato un donario da Bovianum (in ablativo: bùvaianùd).

La città è ricordata più volte dagli autori antichi in relazione alle guerre sannitiche, a partire dall'inverno del 314-13 a.C., allorchè l'esercito romano si sarebbe accampato nel Sannio per espugnarla (Livio, IX 28, 1-3). Dopo la notizia liviana di una espugnazione da parte romana avvenuta nel 311 a.C., non ritenuta attendibile dalla critica moderna, Bovianum è nuovamente citata nell'anno 305 a.C., quando sarebbe stata effettivamente presa (Livio, IX 44, 5-15, e Diodoro Siculo, XX 90, 4, ove compare con il nome errato di « Bola »). Assalita ancora una volta nell'anno 298 a.C. (Livio, X 12, 9), viene saldamente tenuta dai Sanniti in una successiva invasione romana, nel 293, allorche furono distrutte Cominium, Aquilonia e Saepinum, con altre città minori (Livio, X 41, II; X 43, 15). Bovianum viene infine coinvolta nelle operazioni della guerra annibalica (Liyio, XXV 13, 8). Se ne torna a parlare, nelle fonti, a proposito della guerra sociale, nell'anno 89 a.C., quando fu espugnata da Silla , per essere ripresa l'anno successivo da Poppedio Silone.

Appiano riferisce che la città sarebbe stata presidiata da tre fortezze. In una di queste è da riconoscere con certezza la Civita, che faceva parte della città stessa, mentre le altre due sono da cercare altrove, in posizioni esterne rispetto al perimetro delle mura, ma sufficientemente vicine da poterle controllare. Una piccola postazione fortificata è stata individuata di recente sul monte Crocella (m 1040 sul livello del mare), l'altura ubicata a sud-ovest della Civita, e vi si è giustamente riconosciuta una delle rocche menzionate da Appiano. Un recinto di mura quasi circolare, dal perimetro di circa 110 metri, racchiude un'area di quasi 900 metriquadrati. All'interno si possono scorgere i resti di una cisterna. E' evidente che l'altura così fortificata doveva servire da base permanente per un presidio militare con compiti di avvistamento e, in caso di assedio della città, di difesa della strada di accesso all'arce.
Prima della guerra sociale, e quindi finche perdurò lo stato sannitico, Bovianum non fu sede unica dei concilia e delle riunioni del senato, che dovevano aver luogo nei principali santuari di culto pubblico e, tra questi, certamente a Pietrabbondante e a Campochiaro. A Bovianum doveva invece essere la sede del Meddix Tuticus, il sommo magistrato annuale dello stato sannitico. Con la soppressione di questa magistratura e con la riorganizzazione territoriale romana in distretti amministrativi municipali, la circoscrizione di Bovianum fu delimitata, durante la prima metà del I sec. a.C., a un ambito non ampio che si estendeva verso nord fino al Monte Vairano incluso, verso est per circa 10 chilometri fino alla Sella di Vinchiaturo, verso ovest per una dozzina di chilometri fino a Castelpetroso, confinando a sud con la montagna. Tale assetto si è protratto per tutta l'antichità, anche nella prima organizzazione ecclesiastica, perdurando poi nel gastaldato di Hovianum dal secolo VII fino al secolo X. Solamente con la costituzione della contea furono annessi a Hovianum i territori del gastaldato bifernense (erede del municipio romano di Fagifulae) e di Saepinum.
La fase sannitica è caratterizzata, qui come altrove, da una accentuata distribuzione dell'insediamento agricolo con conseguente diffusione di villaggi, luoghi di culto, ecc. Già in questo periodo l'abitato di Hovianum aveva preso consistenza nell'area della Civita e del sottostante declivio, racchiuso in un'unica cinta di mura in opera poligonale. Ne furono visti in passato notevoli resti, e qualche traccia ne esiste tuttora presso la porta meridionale della Civita. Limitati saggi di scavo eseguiti sulla Civita, ai margini esterni dell'area occupata dal castello medievale, hanno dimostrato che il sito era stato occupato con edifici e utilizzato intensamente durante la fase sannitica.
All'ultimo secolo di questo periodo è da attribuire un notevole incremento della produzione di tegole, impiegate in tutta l'area della piana di Boiano. Questa attività è da collegare con un accentuato sviluppo edilizio anche nell'ambito urbano. Tegole e coppi di produzione bovianense usati in edifici pubblici sono contrassegnati con la data di fabbricazione impressa per mezzo di stampi rettangolari recanti il nome dei magistrati annuali. Una dedica posta a Cesare, patrono del municipio durante la seconda dittatura (CIL IX 2563) ci informa che negli anni 48 - 46 a.C. La città aveva già lo statuto municipale. Dovette divenire colonia più tardi, tra gli anni 44-27 a. C., e più precisamente forse tra gli anni 43-41 a.C., quando vi furono assegnazioni agrarie da parte di Ottaviano, in base alla legge Giulia (Lib. col., 231, 259 L.).
Infine, tra gli anni 73-75 d.C., altre assegnazioni da parte di Vespasiano a veterani della legione XI Claudia, comportarono la rifondazione della colonia (CIL IX 2564; Igino Gromatico, 131 L.), che, solo in questa occasione, potè assumere il nome di Bovianum Undecumanorum, noto dall'elenco di Plinio (Storia naturale, III 107). La colonia di Bovianum vetus, che compare nel testo pliniano insieme con l'altra, è evidentemente quella istituita da Ottaviano, definita vetus successivamente per essere distinta da quella flavia registrata dopo il 73 in omaggio a Vespasiano.

I principali percorsi esterni si sono conservati nel tracciato del tratturo. La strada antica attraversava la città in corrispondenza dell'attuale corso Umberto e si doveva immettere nell'area urbana, dalla direzione di Aesernia, nel punto in cui si trovano le chiese del Purgatorio e di San Nicola, per uscire nella direzione opposta, verso Saepinum, presso la chiesa di San Biase. L'alveo del torrente Calderari, probabilmente regolarizzato già in antico, doveva rappresentare il limite della città verso la pianura. I resti antichi rinvenuti in passato oltre questo corso d'acqua si riferiscono con ogni probabilità a costruzioni extraurbane. 

Una terza porta si doveva aprire su questo lato della città in connessione con una strada che collegava Bovianum con Larinum e con la costa adriatica. Abbiamo dunque, come a Venafro, una città a pianta ortogonale con almeno sette tracciati stradali disposti parallelamente alla montagna, non del tutto rettilinei perchè adattati alla conformazione dei luoghi, tra la chiesetta di San Michele Arcangelo, a monte, e il torrente Calderari. Nell'altra direzione, tra la chiesa del Purgatorio da una parte e la chiesa di San Biase dall'altra, vi dovevano essere almeno nove assi stradali paralleli. Il Foro si doveva trovare in corrispondenza della Cattedrale.
Nei pressi della chiesa di Santa Maria dei Rivoli dovevano essere ubicati il teatro e, forse, l'anfiteatro. Degli edifici antichi non restano in vista per tutta la città altro che elementi smembrati. Un mosaico con complessi motivi ornamentali fu rinvenuto nel centro dell'area urbana.

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