Un' area delle biotecnologie in rapido sviluppo è quella che utilizza i microrganismi per degradare le sostanze inquinanti presenti nell'ambiente e nel suolo. Nei terreni contaminati spesso albergano microrganismi in grado di attaccare le sostanze chimiche che sono tossiche per gran parte degli altri organismi viventi.
Per ovviare a questo si può:

• Incrementatare le sostanze nutritive nell'aria o nel suolo determinando così la degradazione degli inquinanti
• Introdurre microrganismi scelti appositamente per la loro capacita di detossificazione
• Rimuovere il suolo contaminato, esporlo in condizioni controllate dall'azione dei microrganismi degradatori e quindi riposizionarlo nel sito d'origine.

Inoltre in molti paesi i batteri sono usati per estrarre minerali come il ferro lo zinco e l'uranio da giacimenti scarsamente accessibili.

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• Soluzione di problemi ambientali (Bioremediation)
• Fasi della Bioremediation
• Vantaggi e Svantaggi della Bioremediation

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Un esempio valido sono i metodi per degradare il petrolio dai mari. Infatti si sta lavorando per creare ceppi batterici in grado di facilitare la degradazione dinumerose sostanze tossiche e/o inquinanti. L'utilizzo delle biotecnologie per ilrecupero ambientale(che va sotto il nome bioremediation ) rappresenta sicuramente una delle più affascinanti applicazioni delle recenti scoperte nel campo della genetica molecolare. La Bioremediation consiste nell'isolare i microbi che possono degradare un inquinante particolare e fornire l'ambiente migliore per far agire efficacemente tali batteri ,e così eliminare quell'inquinante. Il principio fondamentale è l'uso del metabolismo microbico per convertire gli inquinanti in qualcosa di innocuo.

• Definire lo stato dell'inquinamento, l'estensione, la pericolosità, il numero degli inquinanti.
• Progettare un approccio microbico efficace per il trattamento degli inquinanti
• Isolare il ceppo o i ceppi che interessano in un ambiente fortemente selettivo fondato su quel tipo di inquinante
• Accrescere la coltura così creata nelle quantità desiderate oppure altrimenti fornire le condizioni che stimoleranno la loro crescita nell'ambiente inquinato.

I vantaggi di questa tecnica sono la capacità a trattare inquinamenti come i carburanti del suolo e altri contaminanti organici. Il processo è costoso ma si dimostra più efficace di procedure come la dimora in discarica, l'incenerimento o il lavaggio con acqua e solventi.
I problemi invece si trovano nei limiti dell'inquinamento, spesso maldefiniti. Per esempio il fronte esterno di un terreno inquinato può aver contaminato l'acqua sotterranea per anni prima della scoperta. In alcune circostanze,il movimento degli inquinanti può essersi spinto a chilometri di distanza dalla fonte di inquinamento. Definire l'estenzione di alcuni problemi di inquinamento sotterranei può essere molto più costoso del resto dell'intera bonifica.