La denominazione Merlinus venne utilizzata per la prima volta da Geoffrey di Monmouth nell'Historia Regum Britanniae, nelle Prophetiae Merlini e nella Vita Merlini, ma il personaggio era già noto nelle tradizioni celtiche come Myrddyn , dal nome della città di Caermyrddyn dove era nato; nella latinizzazione, Geoffrey sostituì la /d/ con una/l/, altrimenti ne sarebbe uscito un appellativo scatologico.
Il Merlino storico visse probabilmente nel VI secolo; era un Bardo gallese - identificato da alcuni storici con un altro famoso Bardo, Taliesin - specializzato in testi profetici. La sua vita - almeno secondo le incerte cronologie del basso medioevo - fu incredibilmente lunga, tanto che certi commentatori ritengono che siano esistiti due Merlini diversi. Myrddyn era stato infatti consigliere di Re gallese Vortirgern, personaggio storico che regnò intorno alla metà del V secolo, e, più di cent'anni dopo, aveva combattuto a fianco di Re Gwenddolau contro Rhydderch il Generoso nella battaglia (perduta) di Arfderydd (575); vuole la tradizione che il mago, impazzito dal dolore per la sconfitta, si fosse di seguito ritirato in una foresta per non mostrarsi più tra gli uomini. Della produzione letteraria di Merlino resta un solo frammento dell'opera Afallenau: la strofa di una profezia in un arcaico dialetto gaelico che nessuno è mai riuscito a tradurre: Secondo Geoffrey, i poteri magici di Merlino hanno un origine diabolica. Un assemblea infernale - racconta la Vita Merlini - ordisce un complotto per generare una sorta di Anticristo destinato a diffondere il male nel genere umano. A questo scopo, la figlia di un ricco mercante viene posseduta nel sonno da un "Incubo", ma rivela quanto è accaduto al confessore: questi traccia sul suo corpo il segno della croce, così, quando il bimbo nasce, è irsuto come un demone, ma non ha il desiderio di fare del male. Dal padre Satana, Merlino ha ereditato la capacità di conoscere il passato; Dio stesso, attraverso la madre, gli ha conferito il potere di prevedere il futuro. Molti anni più tardi, diventa consigliere di Re Vortingern, che libera da due draghi, poi di Re Uther Pendragon; questi si innamora della virtuosa Ygerne, moglie del Duca di Tintagel, la quale non ricambia le sue attenzioni. Il mago fa allora in modo che il suo protetto assuma magicamente l aspetto del Duca: così, grazie a questo inganno, Uther concepisce Artù, che Merlino prende sotto la sua tutela finché diviene Re dei Britanni. Dopo l'unificazione dell'Inghilterra, Merlino rivela al sovrano la sua missione più importante