La fase Palaziale, detta così per la realizzazione dei palazzi, vide l'affermazione di Creta in tutto il mondo classico.

Verso il 1700 a.C. questa fase si interrompe. L'isola conosce una crisi, i palazzi subiscono una rapida distruzione e le cause di questo improvviso mutamento della situazione sono ancora poco chiare: attualmente vi sono solo ipotesi .

Dopo la prima distruzione i palazzi vennero ricostruiti senza fortificazioni e senza difese, infatti oggi si possono vedere solo le fondamenta. La vita che si svolgeva in essa era molto sfarzosa e allettata da intrattenimenti ai quali il pubblico poteva assistere. In questo periodo il palazzo di Cnosso ebbe un predominio sugli altri.

La fine di questa fase fu meno tragica di quella precedente. A questa fine contribuirono una serie di cataclismi avvenuti intorno al 1500 a.C.. ma a determinarne definitivamente la scomparsa fu l’arrivo dei Micenei.

Attorno al 1400 a.C. l’isola di Creta fu conquistata dai micenei che si insediarono nei suoi palazzi. Essi lasciarono splendide tracce della loro civiltà. Nella società micenea non esisteva la proprietà privata. Solo il sovrano e i sacerdoti avevano il privilegio di disporre di un appezzamento di terra.

L’episodio più importante dall’espansione micenea fu la conquista di Troia. Questa civiltà ebbe fine verso il 1200 a.C., probabilmente a causa di cambiamenti climatici o con l’arrivo dei dori, la cui origine risale all'avvento dei popoli del mare. In tale occasione questo popolo prese il nome di Khreti e venne conosciuto nel Medio Oriente fino in Egitto.