Le origini di Cracovia sarebbero legate al mitico principe Krak le cui sorti si intrecciano con la leggenda del drago di Cracovia che viveva in una caverna ai piedi della collina di Wawel. Proprio per commemorare il principe, che liberò il popolo dalla vorace bestia, il paese fu chiamato Krakow (Cracovia), mentre in onore al principe i sudditi innalzarono un tumulo monumentale detto la Collina di Krakus.

La piú antica citazione riferita a Cracovia è quella di Ibrahim-Ibn-Jakub , viaggiatore ebreo del X secolo, che nella relazione di viaggio alla corte dell'imperatore Ottone I nominó la località Karako come principale borgo delle province slave di maggiore importanza commerciale.
I primi insediamenti apparvero nel territorio dell'odierna Cracovia già nel periodo paleolitico sulla collina di Wawel. Nel Medioevo il Wawel costituiva un importante centro statale della tribú di Wiúlanie. Per l'autore della Cronaca Polacca, Vincenzo Kadtubek, Cracovia si identificava proprio con la fortificazione di Wawel, sovrastante tutti i dintorni. La collina, fin dai tempi piú remoti, attirava le folle grazie alla sua naturale caratteristica di difesa, ma solo alla fine del primo millennio sorsero edifici, abitazioni, cappelle ed il castello principesco. Per lo sviluppo di Cracovia e del Wawel furono decisivi il regno di Boleslao il Prode (992-1025), primo re polacco, e quello di suo figlio Mieszko II (1025-1034). Durante il regno di Boleslao lo Stato polacco si inserì nella cerchia della politica europea, rivestendo un ruolo di rilievo nella visione di quell'impero universale e paneuropeo da sempre sognato dall'imperatore Ottone III, un progetto che fu manifestato durante il famoso raduno di Gniezo, nell'anno 1000, quando l'imperatore diede a Boleslao quale importante attributo del potere imperiale la Lancia di San Maurizio, conservata fino ad oggi nel Tesoro della Cattedrale di Wawel.

 
Durante il raduno di Gniezo fu decisa la fondazione del vescovado di Cracovia, che diede seguito alla costruzione sulla collina di Wawel della prima cattedrale, sul cui antico sito oggi si trova il Duomo di Cracovia. Un'altra traccia dei folti legami con l'impero è data dal sistema urbanistico delle chiese piú antiche della città, tra cui la cappella della Santissima Maria Vergine, sul fiume Wawel, le chiese del Santissimo Salvatore e di Sant'Adalberto e San Nicola. La loro posizione riflette quella delle chiese di Aquisgrana: in entrambe le città i templi sono dedicati agli stessi santi e la loro posizione e le reciproche distanze sono identiche. Tra i secoli XII e XIII furono innalzate sul Wawel le fortificazioni. Il castello costituì una delle sedi principali dei sovrani polacchi e, nel XIV sec. superata la disgregazione dello Stato, divenne capitale del nuovo regno dal re Wladyslaw Lobietek (Ladislao il Gomito). Le epoche del Rinascimento e del Barocco portarono poi alla ristrutturazione e all'ampliamento del castello reale. Oggi le stanze reali sono decorate con arazzi fiamminghi della collezione di re Sigismondo Augusto (1548-1572). Altri reperti storici dei re polacchi, tra cui la spada dell'incoronazione chiamata Szczerbiec, sono custoditi presso il Tesoro reale e le armi e le armature dell'epoca presso l'Armeria. I piú antichi edifici del Wawel vengono presentati nell'ambito dell'esposizione intitolata "II Wawel perduto". Fin dal 1320 la Cattedrale del Wawel fu sede dell'incoronazione dei re polacchi e anche luogo della loro sepoltura. Nei sotterranei si trovano le ceneri degli ultimi re della dinastia dei Jagelloni - Sigismondo il Vecchio e Sigismondo Augusto - del re Stefano Batory, dei re della dinastia dei Waza - Sigismondo III, Ladislao IV e Giovanni Casimiro - nonché dei loro parenti. Qui riposa anche il vincitore della battaglia di Vienna (1683) Giovanni III Sobìeski. Accanto alla sua tomba giacciono gli eroi nazionali, tra cui Tadeusz Kosciuszko seppellito nella cripta di San Leonardo, che costituisce il frammento meglio conservato dell'antico tempio romanico del XII secolo. Attigua alla Cattedrale è la torre di re Sigismondo il Vecchio (1505-1548), una volta bastione di difesa, dalla monumentale campana del 1520. Lo stesso re fondò inoltre la cappella situata sul lato sud della Cattedrale, anch'essa chiamata di Sigismondo, considerata il piú perfetto esempio di applicazione delle forme rinascimentali italiane a nord delle Alpi.