Importante centro agricolo, Villaputzu, fu già frequentata in età nuragica, della quale nel territorio restano diversi reperti. La tradizione dice che Villaputzu si trovava anticamente in quel sito che chiamano Santa Maria. Vi si trovava una chiesetta rurale ancora funzionale nei primi decenni del 1600. 

Premuto dalle incursioni arabe anteriori al Mille, arretrò nel sito attuale, più nascosto al mare, costruendovi la nuova chiesa che, per essere più piccola di quella antica, fu chiamata Santa Mariedda. 

Insediamento di "Cirra"

Chiesa di Santa Maria "Su Claru"

E’ tuttora chiamato con questo nome un quartiere del paese. Il documento più antico che attesta questo spostamento del paese risale al 29 giugno 1120, dove si parla della concessione fatta dal Giudice di Cagliari al Duomo di San Lorenzo di Genova della “Corte di Sancta Victoria de Villapupia. I documenti successivi lo chiamano Villa Pupus, Pupussi, Pupusti, Pupuci, Putzi, come lo si sente ancora chiamare spesso popolarmente.