L'epoca della costruzione di questo edificio sacro, di cui rimangono tuttora gli imponenti ruderi del semicerchio (m. 17 d'altezza al punto culminante), va ricercata tra il 337 e il 350, anni in cui Costantina visse a Roma. La basilica misurava m. 98,30 di lunghezza e 40,30 di larghezza.
All'inizio del VII secolo tale edificio era in rovina e il sacello « ad corpus», troppo piccolo, non poteva soddisfare da solo alle necessità del culto. Il sacello di cui si parla è la prima sistemazione della tomba della martire Agnese, decapitata probabilmente all'inizio del IV secolo nello stadio di Domiziano (attuale piazza Navona).Sulla tomba, eretta al tempo della grande basilica costantiniana, venne costruita una piccola cappella con un altare sopra la tomba stessa. Papa Onorio 1 (625-638) pensò di sostituire i due precedenti edifici con uno nuovo e più adatto. La sua opera apparve ai contemporanei splendente di marmi, metalli e mosaici.
Si può ancora ammirare il mosaico dell'abside che raffigura Agnese tra i Papi Onorio I nell'atto di consegnare alla santa il modello della nuova chiesa e probabilmente Papa Simmaco (498-514), l'ultimo restauratore della basilica costantiniana. La costruzione onoriana riuscì infatti un autentico gioiello architettonico. Oggi la si può ammirare guardando le strutture originali esterne, nuovamente visibili dopo il restauro eseguito negli anni 1956-1958, e il suggestivo interno bizantineggiante. Dopo Onorio I, la basilica fu restaurata più volte. All'interno domina la struttura dell'altare maggiore che fu fatto rifare da Paolo V all'inizio del XVIII secolo.
L'altare, che è in blocco massiccio, coperto da una lastra di porfido e ornato tutt'intorno da un intarsio di pietre e marmi preziosi, è ricoperto da un ciborio sostenuto da quattro colonne di porfido ed è stato costruito in modo da ricoprire totalmente il luogo della sepoltura della santa, le cui ossa sono state deposte in un reliquario d'argento per volontà di Paolo V sin dal 1621.
Il campanile è composto da due opere murarie sovrapposte: una a forma di torre tozza del sec. XII-XIII e l'altra fatta costruire dal Cardinale Giuliano Della Rovere intorno alla metà del XV secolo. I recenti restauri (1959-1960, 1972-1973) hanno ridato le linee originali.
La salma della piccola e giovane Martire fu tumulata in una galleria o in un ipogeo del cimitero paleocristiano, successivamente intitolato al suo nome. Nel corso del sec. IV, in talune sue zone vi erano tre piani di gallerie, che la costruzione del sacello « ad corpus» e poi della basilica onoriana sconvolsero ostruendone gli accessi principali.
Solo gli scavi e lo sterro sistematico degli anni 1865-1866, e del 1869 hanno fortuitamente riscoperto le gallerie cimiteriali dopo secoli di disinteresse e abbandono totale. Al termine si potè constatare che dell'antico cimitero paleocristiano rimanevano, tuttora visibili, tre grandi aree, la più antica delle quali può risalire alla fine del II o all'inizio del III secolo; la più recente, del sec. IV-V, è quella che termina al mausoleo di Costanza.
Tale costruzione, monumento di primaria importanza per la storia dell'architettura tardo-romana, sembra si debba assegnare alla metà del sec. IV. Costanza, di cui già conosciamo la figura, manifesta chiaramente così il desiderio di porre le sue ceneri sotto la protezione della Santa.
Il Mausoleo è a pianta centrale circolare, all'interno come all'esterno ha un diametro di 22,50 metri. All'interno il vano centrale è cinto da un deambulatorio su colonne binate disposte in profondità e sorreggono le arcate che sostengono il tamburo della cupola emisferica. La volta del deambulatorio è ornata di preziosissimi mosaici del IV sec., rappresentanti scene di vendemmia e motivi bacchici.La canonica è abitata sin dal 1489 dai canonici regolari. In un primo tempo dai canonici regolari della Congregazione di S. Salvatore di Bologna, detta Renana, che si è unita successivamente alla Lateranense il 28 giugno 1823.
In antecedenza, dal secolo V, sorgeva un monastero che fu abitato, in tempi diversi, da monaci e da monache sino al 1480, anno in cui furono sostituite dai religiosi di S. Ambrogio di Milano e surrogati a loro volta da Innocenzo VIII con i canonici regolari.
Il 16 ottobre 1708 sorgeva la parrocchia di S. Agnese, il cui territorio vastissimo, era costituito da ville, vigne, poderi con casali dispersi e piccoli agglomerati di abitazioni, con zone malariche scarsamente popolate. Oggi, su questo territorio sono state istituite altre 26 parrocchie. Gli edifici canonicali e parrocchiali che formano la casa sono quattro: la « casina», una costruzione dell'inizio del secolo ed ora adibita a sale per il catechismo; la canonica detta di "Pio IX" perché voluta da lui e già in funzione nel 1856 ma rifatta conservando parte dei muri perimetrali in buono stato del monastero del XIII secolo, con affreschi del XIII e del XIV è XV secolo; il braccio dell'antico monastero sul lato Nord del cortile e una Torre medievale attigua, massiccia costruzione quadrata e merlata che fu posta a difesa della basilica; la vecchia canonica fatta costruire dal Cardinale Giuliano Della Rovere nell'ultimo ventennio del XV secolo.
La festa di S. Agnese è celebrata annualmente il 21 gennaio e secondo un'antica usanza della metà del XV secolo, durante il solenne pontificale vengono benedetti due agnellini bianchi, la lana dei quali servirà per confezionare i sacri palli, insegna liturgica d'onore e di giurisdizione riservata al Papa e agli arcivescovi metropoliti.
È tradizione anche che sia l'Abate generale dei canonici regolari lateranensi a presiedere tale celebrazione. Il territorio parrocchiale è abitato da 3. 700 famiglie per una popolazione complessiva di diecimila persone. Nella casa canonica assieme ai sacerdoti che operano nella parrocchia abitano studenti di teologia che si preparano alla vita sacerdotale e religiosa
Dal 1925 al 1955, anno in cui sorse l'Alunnato S. Pio X (Castelfranco Veneto), il Seminario S. Matilde fu praticamente l'unico della Provincia Italiana dei Lateranensi, nonostante le temporanee concomitanze di Gubbio, Lucca e Coronata (Genova); e lo si può definire a ragione la « culla» di quasi tutti i confratelli italiani viventi. Le nuove situazioni socio-religiose del dopo-Concilio, la scarsità di vocazioni, soprattutto in Liguria, la coesistenza al Nord dell'altro Seminario canonicale, la collocazione troppo decentrata rispetto al resto dell'ltalia, ed altre ragioni ancora, indussero a chiudere il Seminario e a pensare ad una nostra diversa presenza in Andora. La proposta del vescovo di Albenga, mons. Alessandro Piazza, di erigere S. Matilde in Parrocchia, fu accettata nel Capitolo Provinciale del 1973 e il 2 dicembre dello stesso anno la nuova parrocchia iniziò il suo servizio pastorale per una popolazione di circa 1.300 fedeli e ad una popolazione estiva dieci volte 
Ovviamente la piccola cappella risultò subito insufficiente anche solo per i fedeli residenti ed urgente sì fece la necessità di una nuova chiesa. I criteri che avrebbero orientato la progettazione della Nuova Chiesa si definirono chiaramente nel 1979 ed emersero dalle esigenze di una «chiesa-edificio» che rispondesse alle istanze liturgiche e pastorali espresse dal Concilio, fosse moderna nella concezione architettonica e artisticamente valida, e avesse le caratteristiche di «apertura» e di «accoglienza» sia in termini spaziali che ideali. Il progetto dell'architetto romano Eugenio Abruzzini, così come la successiva realizzazione vissuta con affetto fraterno, hanno interpretato in modo eminente i suddetti criteri, e han portato alla Consacrazione della Nuova Chiesa dedicata alla « Vergine dell'Accoglienza», il 4 dicembre 1982, e al completamento definitivo della stessa, con la pavimentazione, l'8 dicembre 1985. Seminario e parrocchia, sono la realtà storica della comunità S. Matilde; cura vocazionale e cura pastorale devono essere sempre binomio inscindibile per una vivace ed autentica vita canonicale.
Pare che la villa veneta Cà Balbi-Preti, ora «Seminario S. Pio X» fosse all'inizio del secolo XVII di proprietà della famiglia Balbi. Dopo il 1608 tutto il fondo passava in proprietà alla famiglia Preti.
conti Giacomelli e firmarono il passaggio della Villa di Castelfranco ai canonici. Detta villa fu dedicata a S. Pio X come seminario minore per le vocazioni della zona. Il Vescovo di Treviso concesse l'apertura del seminario in quello stesso anno, dopo le opportune ristrutturazioni. Si aprì anche un asilo infantile