La nascita di un bambino con una malformazione cardiaca può dipendere da svariati fattori. Le cause più frequenti sono le infezioni durante la gravidanza, in particolare la rosolia, l'alcolismo materno e i fattori genetici. Alcuni difetti rispettano la fisiologica separazione che esiste fra sangue arterioso e venoso, altri possono invece provocare una comunicazione, uno "shunt". Le cardiopatie congenite senza shunt, quindi senza possibilità di mescolanza fra il sangue arterioso e quello venoso, comprendono per esempio la stenosi aortica, una condizione del tutto analoga alla forma acquisita, rispetto alla quale presenta sintomi simili.

Un altro difetto a carico dell'aorta in cui non si verifica mescolamento del sangue è rappresentato dalla coartazione, cioè dalla presenza di un grave restringimento lungo il decorso di quest'arteria. La conseguenza è una pressione assai elevata nella parte alta del corpo (a monte della "diga") e un valore pressorio, invece, particolarmente basso agli arti inferiori. Anche la valvola polmonare può essere interessata da una malformazione congenita: la stenosi polmonare, caratterizzata da un ostacolo alla fuoriuscita del sangue dal ventricolo destro. Di solito i sintomi compaiono dopo l'infanzia e comprendono stanchezza, mancanza di respiro in seguito a sforzi e manifestazioni "da scompenso destro".

Nelle cardiopatie congenite con "shunt" si può verificare un mescolamento fra il sangue venoso, non ossigenato, contenuto nella metà destra del cuore e nelle arterie polmonari e il sangue arterioso, ricco di ossigeno, contenuto nella metà sinistra e nell'aorta. Esiste a questo punto la possibilità che si verifichi un passaggio di sangue dalla metà destra a quella sinistra o, viceversa, da sinistra a destra. Poiché nella metà sinistra del cuore la pressione è notevolmente superiore a quella presente nella parte destra, è logico attendersi un flusso di sangue da sinistra verso destra in presenza, per esempio, di un difetto del setto che separa i due atri o del setto che separa i ventricoli. Nel primo caso, il passaggio di sangue dall'atrio sinistro a quello destro provoca un maggior afflusso di sangue in quest'ultimo. Si tratta di un difetto la cui gravità può variare da forme molto ben sopportate a situazioni di grave scompenso. La presenza di un difetto che provoca una comunicazione fra ventricolo sinistro e destro rappresenta probabilmente la malformazione cardiaca più frequente. Quando la comunicazione è ampia si ha un notevole passaggio di sangue, con un aumento del flusso polmonare: è una cardiopatia molto severa che dev'essere corretta precocemente. Esiste un'altra condizione in cui si verifica una situazione praticamente uguale a quella della comunicazione fra i due ventricoli. Si tratta della pervietà del dotto di Botallo. Quest'ultimo è un vaso che prima della nascita, quando cioè non serve che il sangue vada ai polmoni per ossigenarsi, mette in comunicazione l'arteria polmonare con l'aorta. Dopo la nascita esso si chiude rapidamente; se rimane aperto si verifica un passaggio di sangue dall'aorta, dove la pressione è maggiore, all'arteria polmonare, dove i valori pressori sono minori, con quadro e conseguenze assai simili a quelle del difetto interventricolare.

Il passaggio di sangue dalla metà destra a quella sinistra del cuore si verifica in presenza di difetti più "complessi" che provocano un grande aumento della pressione nella metà destra del cuore. Poiché il sangue nella metà destra è venoso e quindi povero di ossigeno, il suo passaggio nelle arterie permetterà alle cardiopatie di essere caratterizzate dalla presenza di cianosi, cioè di un colorito bluastro delle labbra, delle altre mucose e della pelle. La più famosa delle malformazioni in cui si verifica questa condizione è la tetralogia di Fallot, in cui un difetto interventricolare si associa a una stenosi della valvola polmonare, che ostacola l'uscita del sangue dal ventricolo destro aumentando la pressione al suo interno; gli altri due difetti tipici di questa cardiopatia sono una posizione erronea dell'aorta e un'ipertrofia ventricolare destra.

Un altra cardiopatia che si accompagna a cianosi è la trasposizione dei grossi vasi. In questo caso l'aorta origina dal ventricolo destro e l'arteria polmonare da quello sinistro. Ne deriva che il sangue che si trova nella metà destra continuerà a circolare sempre e soltanto nella metà destra e lo stesso accade per il versante sinistro. L'unica possibilità di sopravvivenza per questi bambini è data dall'esistenza di un altro errore, per esempio la pervietà del dotto di Botallo o una comunicazione interatriale o interventricolare.