- Età: 14 anni

- (Third Children)

- Pilota esclusivo dell'Eva-01

- Ragazzo molto calmo e introverso, non si fida delle persone che lo circondano. Questo suo carattere è dovuto all'abbandono in tenera età da parte del padre, in seguito alla morte della madre. Shinji sarà costretto a vivere con il suo tutore fino all'età di 14 anni, quando una lettera del padre lo porta a recarsi a Neo Tokyo 3, dove il padre gli ordina di salire a bordo dell' Eva-01 (vedi ep. 1).

Durante tutta la serie si potrà notare lo sviluppo mentale di Shinji che poco a poco aprirà il suo cuore agli amici e al mondo. Nonostante ciò nutre profondo risentimento per il padre, che lo abbandonò considerandolo un essere innutile e che adesso lo sfrutta come mero strumento per raggiungere i suoi scopi.

Dal momento in cui arriva a Neo Tokyo 3, Shinji vivrà con Misato con cui instaurerà un rapporto quasi fraterno e da cui riceverà parole di elogio e incoraggiamento. In seguito adrà a vivere con loro anke Asuka, ma il rapporto con lei sarà burrascoso (perchè litigano continuamente) anche se i due sono molto legati. Shinji cercherà più volte di parlare con Rei, di cercare un colloquio che però si limita solo a poche parole.