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Nacque nel 1821 a Rouen, da famiglia borghese: il padre era medico amato da tutta la città di Rouen e la madre era un ricca proprietaria terriera. Flaubert non conobbe mai ristrettezze: inizialmente visse in un appartamento ricavato in un ala dell'ospedale e poi in una splendida villa a Croisset sulla Senna, dove scrisse tutti i suoi capolavori.
Compiuti gli studi al liceo della città natale, dove tra il 1834 e il 1839 redasse il giornale Le colibri e scrisse moltissimo, tra cui Mémoires d'un Fou (1836), racconto autobiografico della passione per Madame Schlésinger. Nel 1842 si trasferì a Parigi per seguire gli studi di diritto, detestati ed interrotti al primo attacco di epilessia nel 1844. Questa malattia lo convinse a ritirarsi a Croisset, dalla quale si allontanò solo per alcuni viaggi in Italia (1845), in Bretagna (un pellegrinaggio a piedi), in Normandia.
Nel 1848 assistette a Parigi alla rivoluzione che pose fine al regno di Luigi Filippo e dopo la salita al trono di Napoleone terzo, ebbe l'impressione di un totale fallimento della borghesia e del trionfo della società di massa. Dal 1849 al 1851 lo scrittore, insieme a un amico, fece un lungo viaggio in Medio Oriente, in Grecia e in Italia dal quale avrebbe tratto spunto per un un'opera di carattere esotico e fantastico, Salammbô (1862).
Non curante del successo e spogliatosi dalle sue proprietà per salvare dal dissesto economico il marito di sua nipote, trascorse in condizioni disagiate gli ultimi anni della vita, mantenendosi con gli scarsi proventi della sua attività di scrittore e con una modesta pensione governativa. Morì per un attacco di epilessia a Croisset nel 1880.
La sua vita affettiva e sentimentale fu semplice: l'adorazione per il padre, per la madre, il grande affetto per la sorella Carolina e la passione giovanile per Henriette Collier che non lasciò tracce. La passione romantica, nata nel 1836, per Elisa Foucault, che rappresentò il sogno d'amore inappagato della sua vita (l'eco di questa passione torna nell'Education sentimentale). Louise Colet, conosciuta nel 1846, è l'amore sensuale, che però si interruppe nel 1856. Nello stesso anno cominciò a lavorare a Madame Bovary per la cui pretesa immoralità fu processato e poi assolto nel 1857. Questa opera enuncia già la teoria dell'impersonalità nell'opera d'arte, ma conserva un fervido impulso sentimentale che fa collocare Flaubert fra la scuola romantica e quella naturalista.
Autocritico severissimo, si decise tardi alla pubblicazione delle sue opere: le prime puntate della Madame Bovary, in gestazione del 1851, comparse nella "Revue de Paris" nel 1856, scandalizzarono i benpensanti. Processato per immoralità, Flaubert fu assolto solo perché i giudici non ritennero dimostrabile l'intenzione dell'autore di offendere la morale.
Altre opere non altrettanto significative sono: Salammbô (1862), favola esotica ambientata nell'antica Cartagine; Tentation de Saint-Antoine (La tentazione di Santo Antonio, 1874); Bouvard e Pécuchet, storia rimasta incompiuta.
Oltre a Madame Bovary il suo romanzo più importante fu L'educazione sentimentale (1869). L'arte, per Flaubert, ha il fine di rappresentare il mondo mentre l'autore partecipa il suo eroe all'aspirazione della felicità data dall'impossibilità di raggiungerla. Un altro successo fu Trois contes (Tre racconti: La leggenda di S. Giuliano ospitaliere, Un cuore semplice e Erodiade, 1877).