Nel primo anno del secolo XVI (1501), Terra di Lavoro entrò a far parte della corona di Francia, ma, Rocca e Terra Montisdragonis, restarono alla famiglia Carafa-Stadera. Proprio sotto questa famiglia, venne edificata, pochi anni prima (1497), una nuova chiesa nel Casale di S. Angelo, dedicata a San Mauro o a S.S. Maria di Montevergine. La riconquista spagnola del 1504, del Regno di Napoli, determinò il declassamento politico del meridione d'Italia, trasformato in Vicereame, ma anche una stabilizzazione politica interna, scossa solo dalle incursioni Turche della prima metà del secolo.

     Con l'era moderna, la Rocca perde la funzione di centro abitato a favore dei centri a valle, restando solo come presidio militare; tale funzione dovette essersi persa già nella seconda metà del 1500, quando terminate le incursioni turche, il presidio sul monte perse ogni valenza strategica. Nel 1508, il feudo di Sinuessa, comprendente le acque Sinuessane fino alla costa, venne dato al Gran Capitano Consalvo I di Cordoba e annesso al Ducato di Sessa. In questi primi anni del '500, venne costruito il primo nucleo dell'attuale Basilica minore di S.S. Maria Incaldana, intitolato in origine a San Michele e detto "intra moenia" per distinguerlo dalla chiesa del Casale di S. Angelo (San Michele extra moenia). Nel 1534 vi fu il primo attacco al litorale da parte dei Turchi che saccheggiarono anche il monastero del Belvedere; dopo questa prima incursione vennero costruite delle torri di guardia sul litorale, nonché una fortezza nel feudo di Sinuessa, ad opera di Consalvo II (1535).

     Nel 1538, la famiglia Carafa-Stadera, comprò il feudo di Sinuessa e lo aggiunse al Ducato di Mondragone; difatti, si parla di questo ducato in quanto risulta essere uno dei 23 ducati in cui era diviso il Regno di Napoli in quell'epoca. Tra il 1543 e il 1552, si susseguirono nuove incursioni turche per cui, si decise il rifacimento delle mura. Nel 1579, diventa Duca di Mondragone: Don Luigi Carafa-Stadera, Grande di Spagna, Principe del Sacro Romano Impero, Conte di Fondi e di Carinola, Duca di Traetto che accentra in se il dominio su un vasto territorio del Vicereame di Napoli. Alla sua morte, nel 1630, ereditò i vasti domini la nipote Anna, che sposò il Duca di Medina Filippo Ramiro di Gusman divenuto nel 1637 Viceré di Napoli. E' in questo secolo che i Carafa-Stadera fecero costruire un palazzotto a ridosso della torre quattrocentesca nei pressi del Casale di S. Angelo, che ebbe una funzione di fortino per il piccolo presidio militare del Duca, composto da 10 fanti e 2 cavalieri.

     Il 1689, segna la fine della signoria dei Carafa sul ducato di Mondragone, l'ultimo rappresentante, Don Nicola Carafa-Stadera-Gusman, muore senza eredi; la Corte di Madrid, ne ordina la vendita all'asta, che viene conclusa con l'acquisto da parte di Marc'Antonio Grillo, Marchese di Clarafuentes, per 550.000 ducati: era l'anno 1690. Il nuovo Duca fece restaurare e ampliare il palazzo Ducale e contemporaneamente fece costruire la chiesetta del Giglio. Nel 1702, moriva a Mondragone, nel palazzo vescovile, il Vescovo di Carinola S.E.M. Paolo Ayrola. Nel 1722, venne fondata la congregazione del Giglio e quattro anni dopo, il Viceré ordinò di portare dentro le mura, la chiesa di San Rufino. Nel 1743, Filippo Agapito Grillo, figlio di Marc'Antonio Grillo, dopo aver pagato i debiti dei Carafa e del fisco, divenne unico e definitivo Duca di Mondragone.

     Dal 1783, la città fu amministrata dal Decurionato, sottoposto ad un governatore del Duca. Sul finire del '700, venne fatto l'ultimo rifacimento delle mura, ormai dirupe; venne costruito il palazzo signorile della potente famiglia Tarcagnota e la Cappella del Carmine. Con la rivoluzione francese, anche in Italia, sorgono le repubbliche al posto delle monarchie e nel 1799 nasce la Repubblica Napoletana; ma il potere feudale resta immutato. Nel 1805 Gioacchino Murat divenne Re di Napoli e l'anno successivo, vengono emanate le leggi sull'evasione feudale; l'ultimo Duca di Mondragone, Domenico Grillo, perde tutti i privilegi e i poteri sulla città, che, da questa data si amministrerà da sola.

Gytheum