Le prime frequentazioni, come attestano vari ritrovamenti sul territorio, risalgono all'età del bronzo, ma è solo con l'arrivo dei greci (740 ca.) che la città assume quel ruolo marinaro certo più congeniale.  

Tucidide ci racconta che i primi fondatori sarebbero stati calcidesi provenienti da Cuma in Campania a cui più tardi si sarebbero aggiunti cittadini di Calcide, al tempo stesso ci informa che Zancle (DANKLE), primo nome della città, è di origine sicula e vuol dire falce.

Il termine zancle si ricollega alla forma a falce del porto della città, che in siculo veniva detta "zanclo". Questo dimostra che i cumani avevano fondato la città su un luogo già popolato da genti autoctone, come era avvenuto per la stessa Cuma.

Vicino al punto in cui il porto comincia la sua curva, due viuzze sono intitolate ai mitici fondatori Periere e Cratemene. Sempre Calcidesi furono gli ecisti di Reggio da cui appare chiara l'intenzione di impadronirsi delle due sponde di uno dei passaggi più frequentati nei traffici fra oriente e occidente.
       Più tardi nuovi coloni provenienti da Samo, spinti da Anassila tiranno di Reggio, si impadronirono della città ma fu lo stesso tiranno poi a scacciarli esercitando il suo potere su entrambe le sponde. Finalmente alla sua morte i messinesi riacquistarono la propria autonomia. La prima distruzione totale della città avvenne nel 396 a.C. ad opera dei cartaginesi di Imilcone. 

La nuova Messina nacque nello stesso anno grazie a Dionigi di Siracusa che ripopolò la città dello Stretto con circa 6000 coloni. Liberata dall'influenza siracusana da Timoleonte fu in seguito riconquistata da Agatocle e in seguito da un manipolo di mercenari, i Mamertini, che diedero una grossa svolta alla città. Questi infatti, in guerra con Ierone II di Siracusa, chiamarono in aiuto i Romani cominciando di fattola prima guerra punica e consentendo la conquista dell'isola da parte di Roma. Nel 263 a.C. Messina diventava di fatto la prima città siciliana in mano a Roma. Il premio per la città dello stretto fu il riconoscimento, insieme alla sola Taormina, di "Città Alleata"con i conseguenti privilegi che comunque non le impedirono di subire un attacco della flotta di Pompeo, nel 49 a.C., mentre quella di Cesare si trovava nel porto (come ci racconta lo stesso Cesare nel De bello civili,II 3). In questi stessi anni, nelle acque dello stretto, la flotta di Sesto Pompeo ottenne una strepitosa vittoria su quella di Ottaviano e fuggito quest'ultimo, la città fu saccheggiata dalle truppe di Lepido. Messina, città federata di Roma mantenne tutto sommato condizioni di privilegio;ciò comunque non le impedì di cadere vittima della rapacità umana. Si ha notizia di un Pretore, C. Catone che fu accusato dai Mamertini di furti e vessazioni e fu in seguito condannato dal Senato di Roma a pagare la bella somma, per quei tempi, di 1800
sesterzi.
          Anche il ben più famoso Verre, rapace pretore contemporaneo di Cicerone venne accusato da questi,tra l'altro, di avere depredato i Messinesi, in particolare il Tempio di Ejo (in questa circostanza Cicerone definisce Messina"civitas maxima et locupletissima").   
       Si è molto discusso sul passaggio di San Paolo a Messina che pure fu certamente a Siracusa e a Reggio. Il naturale percorso farebbe propendere per il si, ciò comunque poco aggiungerebbe alla cristianità della città nella sua storia.
       Con il passaggio dell'impero a Bisanzio operato da Costantino, Messina fu governata da magistrati locali detti Stratigoti.

Intorno al 700 a.C. Zancle fondò la colonia di Mylai (Milazzo), per assicurarsi terreni coltivabili ed il controllo del mare Tirreno. Nel 650 a.C. venne fondata Hymera (Tremini Imerese), situata in una regione ricca di minerali, allo scopo di controllare la fenicia Panormos . 

Si aggiunge inoltre la fondazione di Siracusa, Megara Hyblea e Selinunte da parte dorica, ai danni degli Iblei, altra popolazione locale che ebbe il suo caposaldo nell'odierna Ragusa. Si innescò un processo di guerre e di lotte che rifletteva i contrasti tra le popolazioni nella madrepatria ellenica.