Dopo un lungo assedio, i Normanni conquistarono Bari (1071) che entrò a far parte del Ducato di Puglia e di Calabria. Il 9 maggio 1087, arrivarono le ossa di San Nicola, vescovo di Mira, trafugate da marinai baresi. Nel 1089, il papa Urbano II venne fin qui per consacrare la cripta della basilica e per deporre le reliquie del santo. Incominciò, così, l’afflusso dei pellegrini da ogni parte del mondo. Nel 1098, la città ospitò il Concilio Ecumenico, convocato per ricomporre l’unità nel mondo cristiano, rotto dallo scisma d’oriente. Il malgoverno Normanno provocò l’insofferenza dei ceti marinari e commercianti, spingendo i baresi a ribellarsi al re Guglielmo il Malo, devastandogli il castello. La risposta del re fu durissima, fece distruggere la città, esclusi gli edifici sacri, concedendo alla popolazione solo il diritto di abbandonare l’abitato ed emigrare. La città venne ricostruita in 10 anni. La ripresa economica fu favorita dal re normanno Guglielmo il Buono e dagli Svevi, che dominarono l’Italia meridionale dal 1190 al 1266.