Tramontata la potenza degli Svevi ebbe inizio l’impoverimento e il declino della città, infeudata prima dagli Angioini di Francia, chiamati dal papa Urbano IV per fronteggiare i contrasti con il re Manfredi. Nel 1354, la regina di Francia, Giovanna, nipote del Re Roberto, assegnò il feudo di Bari, Giovinazzo, Molfetta, Bisceglie e Trani a Roberto, principe di Taranto, fratello del proprio marito Luigi. Alla morte di Roberto avvenuta nel 1364, il feudo passò al fratello Filippo, poi alla sorella Margherita, al figlio di questa Giacomo del Balzo, per poi ritornare in possesso della corona. Verso il 1439, il principe di Taranto, Giovanni Antonio De Balzo Orsino, occupò la città diventandone Duca, e rimanendone signore fino alla morte (1463), durante il dominio della dinastia aragonese. Nel 1442, il re di Sicilia Alfonso d’Aragona riuscì a spodestare il re del Regno di Napoli Renato il buono, dando così inizio alla dinastia aragonese nel Regno di Napoli. Morì nel 1458, lasciando il regno di Aragona e di Sicilia al fratello Giovanni e il Regno di Napoli al figlio naturale Ferdinando. Nel 1464, il re Ferdinando I come riconoscenza ai milanesi che lo avevano aiutano contro coloro che avevano contrastato la sua ascesa al trono ritenendola illegittima, donò il ducato di Bari a Sforza Maria Sforza, figlio del duca di Milano, Francesco Maria Sforza.