Dopo la morte di Bona Sforza, Bari tornò a far parte del Regno di Napoli, che da 1503 era passato sotto l’influenza spagnola, governato da un viceré. L’età del vicereame fu infelice per il Mezzogiorno: soprusi, prepotenze, violenze, rapine, assassini, tasse durissime. Per non parlare delle incursioni dei pirati Turchi, che penetravano nel porto per rubare navi e sequestrare persone da vendere come schiavi, se non veniva pagato un congruo riscatto dai familiari. Un tentativo di sommossa da parte dei baresi, capeggiati da Paolo Ribecco, ebbe come unico risultato lutti e rovine. Ad aggravare la situazione fu la tremenda epidemia di peste che colpì la città nel 1656, con 12 mila vittime e 6 mila sopravvissuti, ed in seguito, nel 1691, una seconda epidemia, per fortuna meno violenta. Con la guerra di successione spagnola, il napoletano passò all’Austria sotto l’imperatore Carlo VI.