Alla morte di Sforza Maria Sforza (1479), il re Ferdinando I donò il ducato a Ludovico il Moro, zio del defunto, il quale delegò a reggerlo la propria sorella Ippolita, e poi nel 1499 Ludovico lo assegnò ad Isabella d’Aragona, che lo resse dal 1501 al 1524. Il ducato deve molto ad Isabella: abbellì e fortificò la città e riordinò l’organizzazione dell’amministrazione municipale; diede impulso alla vita artistica e culturale, improntata al gusto rinascimentale delle grandi corte italiane. Morendo, lasciò il ducato alla figlia Bona Sforza, già regina di Polonia, che rimase duchessa di Bari dal 1524 al 1557, quando morì nel castello della città. Bona Sforza portò a Cracovia molti baresi, alcuni dei quali ricoprirono posizioni di grande prestigio presso la corte reale. Nel periodo del ducato sforzesco, si ebbe l’introduzione della stampa in Puglia, infatti a Bari, nel 1535, fu stampato il primo libro che si conosca, ad opera del tipografo francese Gilberto Nehou. Anna Sforza, la figlia di Bona, fece erigere un grande monumento funebre in onore della madre nella basilica di San Nicola, ed è qui che il corpo di Bona riposa.