Il 1° gennaio 1994 , l'EZLN irrompe in diverse città del Chiapas e fa conoscere la "Prima dichiarazione della selva Lacandona", lo storico "Ya Basta!" in cui gli indigeni dichiarano guerra al presidente Carlos Salinas e all'esercito messicano. L'EZLN si solleva in armi con undici richieste: lavoro, terra, cibo, salute, educazione, indipendenza, libertà, democrazia, giustizia e pace.

L'EZLN raccoglie l'eredità storica della lotta sociale del Messico per giustificare la propria strada: "Siamo il frutto di cinquecento anni di lotta: prima, contro la schiavitù nella guerra d'indipendenza contro la Spagna, capeggiata dai ribelli, poi per evitare di finire assorbiti dall'espansionismo statunitense, poi per promulgare la nostra Costituzione ed espellere l'Impero francese dal nostro suolo; in seguito la dittatura di Porfirio Dìaz ci negò la giusta applicazioni delle leggi di Riforma, e il popolo si ribellò scegliendo i propri capi; emersero Villa e Zapata, uomini poveri come noi cui è stata negata la più elementare preparazione per poterci utilizzare quale carne da cannone e saccheggiare le ricchezze della nostra patria senza che a loro importi se stiamo morendo di fame e di malattie curabili, senza che a loro importi se non abbiamo nulla, assolutamente nulla, né un tetto dignitoso, né terra, né lavoro, né salute, né cibo, né educazione, senza il diritto di eleggere in modo libero e democratico le nostre autorità, senza indipendenza dagli stranieri, senza pace e senza giustizia per noi altri".

A sei mesi dalla sollevazione armata, l'EZLN fa conoscere la "Seconda Dichiarazione della selva Lacandona" (datata 10 giugno 1994) in cui convoca la società civile per formare la Convenzione Nazionale Democratica (CND). Questa dichiarazione segna l'inizio della ricerca di uno sbocco politico al conflitto con la partecipazione della società messicana.

Gli zapatisti riconoscono in questa Dichiarazione che la società civile, con il suo intervento, a causa del proprio disaccordo con il massacro che si stava verificando, fermò la lotta e chiamò al dialogo le parti opposte.

L'EZLN chiama quindi al primo "dialogo nazionale", la CND, che ebbe luogo a Guadalupe Tepeyac, nella selva Lacandona, e che attirò oltre 6000 persone. L'EZLN spiega le ragioni della sua sollevazione armata e chiama a salvaguardare l'ormai vicino processo elettorale, perché si abbiano elezioni libere e democratiche e si lotti per il rispetto della volontà popolare. È allora che inizia la resistenza delle popolazioni zapatiste all'assedio militare ancor oggi in atto: "Non ci arrendiamo, resistiamo! Non riceveremo nulla dal governo, resisteremo finché colui che comanda, non comanderà ubbidendo".

A un anno dalla sollevazione armata l'EZLN emette la "Terza Dichiarazione della selva Lacandona" con un'iniziativa politica che riafferma il carattere nazionale della lotta. L'EZLN chiama alla formazione del Movimento di Liberazione Nazionale (MLN) un ampio fronte di opposizione al sistema del partito di Stato (PRI) che domina il Messico da settant'anni.

La Terza Dichiarazione ha luogo un mese dopo lo scoppio - nel dicembre 1994 - della peggior crisi economica della storia del Messico. Nel Chiapas il governo federale impose come governatore Eduardo Robledo Rincòn, candidato del PRI, in mezzo a grandi mobilitazioni della "resistenza civile" contro il broglio elettorale, capeggiata da Amado Avendaño Figueroa, il quale viene proclamato dalla sinistra e dagli zapatisti governatore "in ribellione". Quel dicembre, l'EZLN spezza l'assedio militare e irrompe in 38 municipi dello Stato dichiarandoli autonomi e ribelli.