Il 19 luglio 1998, l'EZLN firma la "Quinta Dichiarazione della selva Lacandona", che è la riconferma dell'identità indigena degli zapatisti. Essa chiamava alla "Consultazione Nazionale per il Riconoscimento dei Diritti e contro la Guerra di Sterminio", che ebbe luogo il 21 marzo 1999 con una mobilitazione senza precedenti di 5000 indigeni ribelli che si recarono in tutti i municipi della Repubblica Messicana. Con oltre 2.854.000 voti ottenuti, gli zapatisti riuscirono a portare in primo piano nel dibattito politico nazionale la legittimità delle loro richieste e dei diritti indigeni.

Prima di emettere la Quinta Dichiarazione, il panorama nel Chiapas era incerto. Il dialogo con il governo era stato sospeso davanti all'inadempienza dei primi accordi di pace. Nel settembre 1997, 1111 zapatisti marciarono pacificamente su Città del Messico per esigere che venissero rispettati gli accordi di San Andrès. Al ritorno dei delegati nelle loro comunità, la violenza paramilitare si inasprì, principalmente nel municipio di Chenalhò.
Il 22 dicembre 1997, ad Acteal, 45 indigeni sono massacrati da bande paramilitari. Nei primi sei mesi del 1998, il governo scatena un'offensiva militare e politica con centinaia di incursioni contro i municipi autonomi e i villaggi zapatisti.

Nel luglio 1998, con la Quinta Dichiarazione della selva Lacandona, l'EZLN spezza il silenzio in cui era rimasto per sette mesi. Nella Quinta Dichiarazione, l'EZLN esige una riforma costituzionale in materia di cultura e diritti indigeni che non sia unilaterale, "deve essere integrata con gli accordi di San Andrès e riconoscere quindi gli aspetti fondamentali delle richieste delle popolazioni indigene: autonomia, territorialità, popoli indios, sistemi normativi. Negli accordi si riconosce il diritto all'autonomia indigena e al territorio, in conformità con l'accordo 169 dell'OIT, firmato dal Senato della Repubblica.
Nessuna legislazione che intenda soggiogare i popoli indios limitandone i diritti alle comunità, e promuovendo quindi la frammentazione e dispersione in grado di favorirne l'annientamento, potrà assicurare la pace e l'inclusione nella nazione di quei messicani, primi tra i primi. Ogni riforma che pretenda di spezzare i legami di solidarietà storici e culturali esistenti tra gli indigeni è condannata al fallimento ed è, semplicemente, un'ingiustizia e una negazione storica".

La ribellione zapatista iniziata nel 1994, continua ancora oggi. L'EZLN, per la prima volta nella storia, riesce a riunire in una stessa ribellione le principali etnie del Chiapas: tzeltal, tzotzil, chole, tojolabal, mame e zoque.
A partire dal 1994, i villaggi zapatisti sono vittime della guerra scatenata da militari e paramilitari contro i ribelli. L'attacco repressivo contro i municipi autonomi indica che la strategia del potere è la stessa già usata nelle precedenti ribellioni: repressione davanti a qualsiasi accenno di autonomia indigena.

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