I dodici campionati svoltisi in quest'arco di tempo furono caratterizzati dalla distruzione di tutto quello che di buono era stato fatto dall'accoppiata Ascarelli - Garbutt. Sia la pausa bellica che la ricostruzione sia sociale che calcistica vissuta in quest'epoca, fanno considerare quest'arco di tempo come uno dei più oscuri nella storia del Napoli. (In quindici anni si avvicendarono 19 tra allenatori e responsabili tecnici).

Questo fu un campionato completamente allo sbando, concluso con 24 punti ed il 13° posto in classifica. Il Presidente Achille Lauro (nella foto), nel tentativo di arginare una "débâcle" inarrestabile dovuta ad una dilagante indisciplina, decise di usare il pugno di ferro: multò tutto e tutti! Ma i risultati non furono pari alle attese.

La squadra fu rivoluzionata; arrivarono Nereo Rocco e Pretto e venne promosso portiere titolare Sentimenti II. Lasciarono il Napoli Sallustro e Colombari. I risultati migliorarono leggermente ma non in maniera esaltante: 10° posto con 28 punti. Lauro cambiò l'allenatore nel corso del campionato sostituendo Mattea con l'inglese Eugen Payer (detto il Signore "piluscio" per via di un cappello peloso sempre indossato).

Ulteriore rivoluzione di Lauro: in partenza Buscaglia ed in arrivo Piccini e Granaglia. Capocannoniere sarà Nereo Rocco con 6 gol. L'inizio fu comunque devastante: alla penultima di andata il Napoli aveva 11 punti su 14 partite ed era classificato al 15° posto. Il licenziamento di Payer fu inevitabile. Ma, invece di nominare un nuovo allenatore, Lauro tentò di responsabilizzare la squadra nominando l'Ing. Amedeo D'Albora capo delegazione (fu soprannominato "scartellato" perché portò fortuna), Paolo Jodice preparatore atletico e poi divise la squadra in reparti: Castello per la difesa, Piccini per la mediana e Rocco per l'attacco. Il risultato fu sorprendente: negli ultimi 17 incontri furono raccolti 20 punti raggiungendo un onorevole 7° posto in classifica.

Baloncieri, vecchia gloria del Torino e della Nazionale, era il nuovo allenatore, e rimase in panchina fino alla fine di uno dei peggiori campionati disputati dal Napoli: penultimo in classifica a 24 punti, a pari punti con Liguria e Fiorentina; Napoli e Fiorentina si salvarono dalla retrocessione per il miglior quoziente-reti. Otto giorni dopo la fine del campionato l'Italia entrò in guerra.

Nuovo tecnico Vojak (divenuto Vogliani per ragioni autarchiche) ed al vertice societario il Commissario Del Pezzo al posto del dimissionario Lauro. Tra i calciatori che lasciarono il Napoli ci furono Romagnoli, Rocco, Biagi, e poi Fenoglio e Braglia (questi ultimi due morti prematuramente per avere contratto il tifo). Arrivarono l'attaccante uruguayano Evaristo Barrera e l'italiano Busoni. Il campionato finì con un dignitoso 7° posto in classifica con 30 punti. Ma purtroppo il peso della guerra si farà sentire sempre di più.

I bombardamenti piovuti sulla città non risparmiarono lo Stadio Partenopeo (foto asinistra): Si giocò, così, al Vomero (nella foto sotto). Del Pezzo cedette il posto prima a Leonetti (nella foto a lato)e poi a Piscitelli. Il campionato fu un completo disastro se si eccettuano le quattro vittorie consecutive ottenute a fine campionato come estremo tentativo di evitare la retrocessione; tentativo reso vano dalla sconfitta subita all'ultima giornata dal Genova. Così ci fu la prima ed inappellabile retrocessione in serie B, con 23 punti, e nonostante i 7 rigori consecutivi parati da Sentimenti II.

Promozione mancata all'ultima giornata con la sconfitta casalinga ad opera del Modena. Il 3° posto finale con 41 punti non bastò. Nel corso del campionato l'allenatore Vojak (o Vogliani) abbandonò la squadra, ed il suo posto fu preso da Pippone Innocenti (nella foto). Questi non ebbe maggior successo del suo predecessore ed il Napoli rimase in "B" ancora 3 anni (di cui 2 dovuti alla pausa bellica).

In questi anni il Napoli era nelle mani di Innocenti che, nel retrobottega del suo bar, fondò la Società Sportiva Napoli. In concorrenza De Manes, Scuotto e Lombardi fondarono la Società Polisportiva Napoli. Infine i fratelli Milano diedero vita ad una seconda Internaples. Gli stadi napoletani erano tutti inutilizzabili (alcuni perché bombardati, altri perchè utilizzati dai tedeschi come deposito di automezzi), per cui le partite venivano disputate in piazza Nazionale ed all'Orto Botanico (nella foto). Si trattava di partite per lo più dal sapore di sfida di quartiere. Con il passare del tempo si rese necessaria la fusione tra la Sportiva e la Polisportiva allo scopo di partecipare ad un torneo ufficiale a carattere regionale. Il risultato fu il 3° posto con 26 punti in 18 partite.

Il 28.10.1945 il Napoli riprese l'attività ufficiale allo stadio del Vomero con la denominazione di Associazione Polisportiva Napoli. Per motivi di carattere economico legati alle spese di trasferimento delle squadre, il campionato fu organizzato in due gironi: Nord e Centro-sud. Per carenza di formazioni, furono ammesse alla Serie A oltre al Napoli, il Pescara, il Palermo, la Salernitana, il Siena e l'Anconitana. Allenatore fu chiamato l'uruguayano Sansone mentre la dirigenza era composta dal manager Scuotto, dal Presidente Pasqualino Russo, e dai soci finanziatori Cuomo, Muscariello e Musollino. Il girone del Centro-sud fu vinto dal Napoli (a pari punti con il Bari) e nel girone finale, al quale accedevano le prime quattro di ogni girone, il Napoli non demeritò; anzi, con il pareggio casalingo per 1-1 con la Juventus, regalò lo scudetto al Torino che terminò a 22 punti (contro i 21 della Juve stessa).

Quest'anno un nuovo presidente, Scuotto, ed una nuova denominazione, Napoli Associazione Calcio srl. 8° posto finale a 37 punti nel campionato di nuovo a girone unico. Fu l'anno del miracolo Modena (3° in classifica). Il Napoli si rinforzò con l'acquisto del centrocampista Pastore e con la punta Santamaria che, nella partita casalinga con la Sampdoria, ottenne il non invidiabile record di colpire per ben nove volte i pali della squadra avversaria, prima di riuscire a segnare il sospirato gol della vittoria.

Campionato a 21 squadre per effetto della riammissione della Triestina. Nel Napoli l'allenatore Sansone fu esonerato dopo le prime 5 partite, mentre il suo successore Vecchina si dimise dopo ulteriori 12 incontri. La squadra fu così affidata ad Arnaldo Sentimenti. Anche a livello societario le cose non andavano meglio: il Presidente Pasqualino Russo si dimise il 7.1.1948 e subentrò il commissario Savarese. Questi durò una settimana dopodiché subentrò Giuseppe Muscariello, nominato Presidente il 29.2.1948.Vista la situazione di classifica piuttosto compromessa, la dirigenza napoletana pensò bene di far "avvicinare" il dirigente Ganelli ad alcuni giocatori del Bologna. Il risultato fu la prima vittoria esterna del Napoli. Ma le voci di sospetto si fecero sempre più pressanti fino a far scoppiare lo scandalo. Innocenti fu squalificato per 3 anni, Ganelli ed il Presidente Muscariello radiati (Muscariello dopo qualche tempo fu riabilitato), ed il Napoli retrocesso all'ultimo posto che significò la serie B nonostante i 34 punti conseguiti e le numerose recriminazioni per alcuni punti "rubati" al Napoli.

Il 4/5/1948 finì tragicamente sulla collina di Superga il Grande Torino. Il Napoli, in serie B, aveva come Presidente Egidio Musollino (nella foto) (vice presidenti Cuomo e Scuotto) che acquistò Suprina dallo Strasburgo, Brighenti (fratello maggiore del futuro assistente di Bearzot), Soldani, Cappelli e Maola; allenatore venne chiamato Felice Borel (a suo tempo detto "farfallino"). Fu un Campionato a 22 squadre ma non certo brillante per la squadra partenopea che realizzò 45 punti terminando al 6° posto in classifica. Borel durò fino alla metà di febbraio 1949 quando fu esonerato e sostituito da Gigione De Manes; due mesi ed anche quest'ultimo passò la mano a Mosele, ex portiere, che la condusse fino al termine del torneo.

Nuovo tecnico fu nominato Eraldo Monzeglio (già campione del Mondo).Il Napoli finì il campionato al 1° posto con 61 punti più per merito della difesa che degli altri reparti. La squadra fu rivoluzionata: ben 10 giocatori lasciarono ed addirittura 12 ne arrivarono. Tra questi Albertino Delfrati, che fu apprezzato allenatore in seconda di diversi tecnici succedutisi sulla panchina del Napoli, ed il portiere Giuseppe Casari (vedi foto). Il 22/12/1949 il Comune di Napoli deliberò la costruzione di un nuovo e più capiente Stadio. Ma per vedere la sua inaugurazione si dovette aspettare un altro decennio (Napoli Juventus del 6/12/1959).Questo fu un campionato completamente allo sbando, concluso con 24 punti ed il 13° posto in classifica. Il Presidente Achille Lauro, nel tentativo di arginare una "débâcle" inarrestabile dovuta ad una dilagante indisciplina, decise di usare il pugno di ferro: multò tutto e tutti! Ma i risultati non furono pari alle attese.